Tuvimos un problema similar: debes ejecutar la transacción bd87 y filtrar por tipo de iDoc 64 --> ejecutar. En la siguiente pantalla, debería mostrarte todos los iDoc que no se procesaron.
En nuestro sistema, tuvimos que automatizar esto por lotes, se ejecuta cada 10 minutos (en BW y R3).
Espero que esto te ayude.
Ioan