En realidad, también estoy trabajando en un proyecto de migración a Netezza...
Para eliminar los duplicados tenemos dos opciones
1. Comparación de tablas: espero que sepas cómo configurar las opciones aquí
2. Operación de mapeo---
Normal--actualizar
insertar--descartar
eliminar--descartar
actualizar--descartar
Espero que esto te ayude... si necesitas algo más, por favor házmelo saber