Las sustituciones de FI funcionan solo en los documentos contables. Si estableces una sustitución para el texto de encabezado, debería aparecer en el documento contable (campo BKPF-BKTXT) que está vinculado al documento de facturación, es decir, verás el documento contable mostrado a través de la transacción FB03, no el documento de facturación en sí mismo que se muestra a través de la transacción VF03.
De hecho, no creo que el documento de facturación (el documento almacenado en la tabla VBRK) tenga un campo de texto de encabezado.