Hola Pedro
Esto se descuenta de acuerdo a lo que se haya guardado en el cc-nom /31F periodo a periodo. Este /31F se genera por la configuración que tengas de acuerdo a la combinación de las vistas de configuración V_T554S con V_554S_G.
Si periodo a periodo cuando ocurre la incidencia no se está grabando por la configuración el /31F, este no será descontado del Aguinaldo aunque marques esa opción en el reporte.
La única manera de descontar eso, en caso de que no se acumule durante el año, es crear una nómina Off Cycle de ajuste para cargar ese /31F. También es necesario revisar la nota
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Saludos Cordiales
Amilcar Caballero