Estimada Ester,
Definitivamente es algo relacionado con SSO. Moodle admite varios métodos de autenticación, incluido LDAP. Si tu sistema SAP también utiliza LDAP como origen de datos de usuario, podría ser más fácil establecer el SSO. En el lado de Moodle, necesitarás instalar complementos de autenticación. Por otro lado, Moodle tiene un complemento SSO. Algunos detalles sobre esto en http://help.wikispaces.com/Moodle complemento SSO
También podrías considerar las capacidades de SAML y SPNego.
¿Podrías dar una pista de cómo hiciste la integración? ¿Estás utilizando servicios web? Sería muy apreciado.
Saludos,
Haik