Hola Fabián,
Lo que debes hacer es una Nota de Crédito de clientes en nombre del cliente por el pago recibido a cuenta, esta debe ser de tipo servicio por el valor correspondiente a la retención de $8.000 para tu ejemplo, afectando la cuenta o cuentas que correspondan a la retención efectuada.
Luego, durante el proceso de reconciliación, contactas al cliente y allí puedes conciliar o vincular los valores de débito y crédito (el pago recibido, la factura y la Nota de Crédito).
Saludos,
JAMS