Olá Manish,
Segundo o meu conhecimento, não restringirá nenhuma das funcionalidades padrão.
Com PI restringe porque só é possível criar Ordens de Produção e não Ordens de Processos.
AFS atua como um complemento em vez de uma funcionalidade separada. Estou trabalhando com ECC 6 padrão com AFS 6.3 e até agora AFS não criou nenhuma restrição na funcionalidade padrão.
O SAP não publicou nenhuma documentação a respeito.
Se ainda tiver alguma dúvida, avise-me.
Cumprimentos,
Vishal