Olá,
Como Ravi mencionou, você pode ativar funções JavaScript usando o atributo onClientClick. Primeiro, você precisa definir o código JavaScript em sua página e depois pode chamar o código desta forma:
<htmlb:button text = "Algum texto"
encode = "false"
onClientClick = "javascript:Sua.Função()" />
Certifique-se de definir o código primeiro e depois escrevê-lo para o seu botão; caso contrário, a aplicação não saberá que o código JS existe.