Caro Kumar,
Não há comparação, pois ambos não têm nada em comum.
O FB03 é usado para exibir os documentos que foram publicados no sistema e são armazenados em diferentes tabelas, como BKPF onde são armazenadas as informações do cabeçalho e similares a BSEG, PAYR e BSEC, etc.
O critério de seleção inicial para visualizar esse documento em particular é o número do documento, o código da empresa e o exercício fiscal.
Se você tem certeza sobre o número do documento, passe para o próximo critério de seleção, onde são apresentados muitos parâmetros e você fornece o critério de seleção.
O SQ01 é a tela de 'manutenção de consulta', que é usada tanto por pessoas funcionais (embora seja técnica, é amigável para os funcionais) quanto por pessoas técnicas.
O principal uso disso é que mesmo sem programar, podemos gerar alguns relatórios personalizados, mas a restrição é que não pode extrair grandes quantidades de dados das tabelas (caso estejamos extraindo de tabelas do banco de dados, pois podem ser extraídas de diferentes fontes).
Antes de manter uma consulta, devem ser criados conjuntos de informações e grupos de usuários.
Se precisar de mais esclarecimentos, basta deixar seu e-mail.
Atenciosamente,
Sunil