A tabela BP000 é para um parceiro comercial geral que é usado, entre outras coisas, como parceiro de remessa ou faturamento nos módulos R/3 (MM, SD, etc.).
As tabelas BUTxxx (000, 020, 021 e outras) são para parceiros comerciais específicos do IS-U que são criados com a transação FPP1 (criar parceiro de contrato).
Se você só vai usar o IS-U, esqueça a BP000 e lembre-se de que parceiro comercial = BUTxxx.
Boa sorte!