Ya he tenido este caso y la forma en la que se ha trabajado es que, por ejemplo, el cliente tiene una factura por 500 y como proveedor una por 300. La lógica es primero liquidar la de 300 con un pago efectuado hacia una cuenta puente "Cuentas por Liquidar" y posteriormente hacer un pago recibido contra esta misma cuenta, quedando un saldo como cliente o recibiendo la diferencia como efectivo. Si el caso es que la factura del proveedor es mayor a la del cliente, primero recibir el pago hacia la cuenta puente y luego liquidar con un pago efectuado. Espero que esta información te sea de utilidad.
Saludos
Cesar Mendieta