Sí, en caso de que el proveedor tenga múltiples cuentas bancarias, el tipo de banco asociado completado en el documento se sobrescribirá.
Por lo tanto, necesitarías realizar un cambio masivo en el documento para eliminar el valor del tipo de banco asociado si no deseas que se tome del documento.
(Para esto, asegúrate de que este campo esté abierto para cambios en OB32).
Saludos,
Gaurav