Hola Nazéer,
No es un error, es una característica.
IDocs significa que tienes segmentos de una cierta estructura de segmento. La administración de IDoc en transacciones como WE05 solo mostrará los campos poblados. No te preocupes: Todos los campos están allí porque están definidos en la estructura del segmento. Solo verifica el tipo de segmento con SE12 en el diccionario: Verás que todos los campos existen.
Dile a tu gente de Egate que esta es una característica básica de IDoc con la que tienen que vivir. Mientras los IDocs se envíen como archivos planos, no hace diferencia. Si los IDocs se envían como XML, no sé si SAP proporciona una forma de enviar campos de segmento vacíos sin sentido.
Saludos,
Clemens