Buenos días Rolando
Finalmente veo que no es posible aplicar más de una retención de impuestos por factura. La solución fue realizar una retención por factura o ajustar el importe base en la ventana de retenciones para que alcance el 100%; de lo contrario, no se procesará.
Ajustar la base tiene el inconveniente de que al querer ver un reporte de los impuestos retenidos y compararlo con esa base, los porcentajes de tus retenciones no coincidirán.
Espero que esta información te sea de ayuda.
Saludos