Já tive esse caso e a forma como foi trabalhado é a seguinte: por exemplo, o cliente tem uma fatura de 500 e o fornecedor uma de 300. A lógica é primeiro liquidar a de 300 com um pagamento feito para uma conta ponte "Contas a Liquidar" e posteriormente fazer um pagamento recebido contra essa mesma conta, deixando um saldo como cliente ou recebendo a diferença em dinheiro. Se o caso for que a fatura do fornecedor é maior do que a do cliente, primeiro receba o pagamento para a conta ponte e depois liquide com um pagamento feito. Espero que essa informação seja útil para você.
Saudações
Cesar Mendieta