Sim, caso o fornecedor tenha várias contas bancárias, o tipo de banco associado preenchido no documento será sobrescrito.
Portanto, seria necessário fazer uma alteração em massa no documento para remover o valor do tipo de banco associado se não deseja que seja retirado do documento.
(Para isso, certifique-se de que este campo esteja aberto para alterações em OB32).
Cumprimentos,
Gaurav