Olá Carsten,
Realizei algumas depurações e investigações adicionais sobre isso...
As entradas BD52 (tabela TBD62) e BD53 (tabela TBD24) são geralmente análogas entre si e estão vinculadas através do programa RBDIDOCR, que é iniciado com a transação BD53.
A documentação do GTS utiliza esse programa para gerar as entradas em TBD62. O botão "Ativar ponteiros de mudança" lê as entradas em TBD24 e cria entradas correspondentes em TBD62. São as entradas de TBD62 que determinam se os ponteiros de mudança são criados em BDCP2.
Pessoalmente, prefiro criar essas entradas diretamente, utilizando BD52, evitando a necessidade de criar Mensagens Reduzidos, e porque geralmente entendo melhor as estruturas de tabelas do que as estruturas de iDoc.
Sei que minha análise não coincide totalmente com a experiência que você descreveu com a entrada "antiga", e ainda não consigo explicar. Talvez com o tempo isso se esclareça?...
Saudações,
Dave