Hola, tengo una pregunta. Si necesitas llevar el control del monto que has dado como anticipo en el SN y, a su vez, el monto considerado como anticipo en la cuenta de activo de anticipo para proveedores, ¿por qué no haces un pago a cuenta a ese SN contra la cuenta de anticipo que elijas? De esta manera, el monto quedará en el saldo del SN y en la cuenta que utilizaste para realizar el pago. Una vez que generes la factura final al SN por el monto del anticipo, el saldo del SN quedará en ceros y solo tendrás que conciliar ambos documentos para evitar que aparezcan como pendientes.
Para eliminar el saldo de anticipo una vez que generes la factura final, puedes hacer un asiento de esa cuenta contra el banco.
O quizás considerar la opción de solicitar el anticipo en lugar de la factura, pero en este caso solo podrás llevar el control del traslado del IVA y no del monto global del anticipo.
Saludos.