Finalmente descobri.
No Modo Automático, o SAP escolhe as codificações de forma diferente do que eu preciso.
O SAP muda para a codificação C40 da seguinte forma:
a\C40\BCD^11^DUEN4XK3WP8T\ASCII\^20201124
Enquanto o Código de Matriz de Dados que eu preciso utiliza a codificação EDIFACT para a parte central da sequência de dados:
aBCD^11\EDIFACT\^DUEN4XK3WP8T^20\ASCII\201124
Parece que tenho que alternar entre codificações manualmente para obter o resultado que necessito.
Para encontrar a resposta para o meu problema, esta ferramenta foi muito útil:
https://zxing.org/w/decode.jspx
Não só fornece o texto decodificado de um Código de Matriz de Dados, mas também os bytes brutos do código. Dessa forma, você pode descobrir quais palavras de código são usadas para alterar as codificações.