Finalmente lo descubrí.
En el Modo Automático, SAP elige las codificaciones de manera diferente a lo que necesito.
SAP cambia a la codificación C40 de la siguiente manera:
a\C40\BCD^11^DUEN4XK3WP8T\ASCII\^20201124
Mientras que el Código de Matriz de Datos que necesito utiliza la codificación EDIFACT para la parte central de la secuencia de datos:
aBCD^11\EDIFACT\^DUEN4XK3WP8T^20\ASCII\201124
Parece que tengo que cambiar entre codificaciones manualmente para obtener el resultado que necesito.
Para encontrar la respuesta a mi problema, esta herramienta fue muy útil:
https://zxing.org/w/decode.jspx
No solo proporciona el texto decodificado de un Código de Matriz de Datos, sino también los bytes crudos del código. De esta manera, puedes averiguar qué palabras de código se utilizan para cambiar las codificaciones.