Tivemos um problema semelhante: você precisa executar a transação bd87 e filtrar por tipo de iDoc 64 --> executar. Na próxima tela, deve mostrar todos os iDoc que não foram processados.
Em nosso sistema, tivemos que automatizar isso em lotes, executando a cada 10 minutos (no BW e R3).
Espero que isso ajude.
Ioan