Na verdade, também estou trabalhando em um projeto de migração para o Netezza...
Para eliminar duplicatas, temos duas opções
1. Comparação de tabelas: espero que saiba como configurar as opções aqui
2. Operação de mapeamento---
Normal--atualizar
inserir--descartar
excluir--descartar
atualizar--descartar
Espero que isso ajude... se precisar de mais alguma coisa, por favor me avise