Hola partha.vemuru
No estoy seguro de cuál es el código de transacción que estás utilizando o cómo se ha registrado la factura. Es extremadamente difícil hacer comentarios hasta que se proporcionen todos los detalles en la publicación. Sin embargo, este es un problema común si estás utilizando una interfaz para crear la factura. El siguiente blog podría serte útil en ese caso.
https://blogs.sap.com/2016/07/12/line-by-line-tax-issue-while-invoice-posting/
Saludos
Sanil Bhandari