Entendo que o seu artigo tem apenas uma entrada com um custo específico. Se for o caso, o custo médio será refletido nesse artigo quando houver pelo menos outra entrada com um custo diferente e você tiver uma saída.
Faça um teste, em um ambiente de testes, claro, inserindo uma quantidade com um custo diferente nesse artigo e depois consulte o kardex do mesmo para ver a diferença na média.