Olá Niladri,
Não, não causa nenhum problema de desempenho. Mas se estiver optando por TM-ve, então não acredito que seja necessário, pois no final você está processando o salário levando em consideração apenas o empregado presente, onde apenas as ausências são capturadas.
Se estiver optando por +Ve TM, então tem um grande impacto na avaliação dos dados em tempo real, pois é comparado com IT7 com IT2011.
Saudações,
Sankarsan