Gostaria de entender por que existem códigos diferentes, quando essencialmente se referem ao mesmo artigo. Eles apenas se referem a campos diferentes, mas os registros contábeis vão para o mesmo dado mestre. Se for apenas para fins de identificação por filial, recomendaria criar campos definidos pelo usuário.
Por outro lado, você pode usar um único código para todos e segmentá-lo por nível de artigo. Dessa forma, você poderá separar receitas e transações tanto por linha de negócio quanto por filial.
Saudações