Quiero entender por qué existen códigos diferentes, cuando en esencia se refieren al mismo artículo. Solo hacen referencia a campos diferentes, pero los registros contables van hacia el mismo dato maestro. Si es solo para fines de identificación por sucursal, te recomendaría crear campos definidos por el usuario.
Por otro lado, puedes utilizar un único código para todos y segmentarlo por nivel de artículo. De esta forma, podrás separar los ingresos y las transacciones tanto por línea de negocio como por sucursal.
Saludos