Olá Oliver
Sugiro o seguinte:
1. Verifique se está retirando a mercadoria do armazém onde está o estoque.
2. Se você vê peças em estoque, mas ainda assim está recebendo erro, talvez haja uma inconsistência de informações.
Neste caso, sugiro que crie uma base de testes (atualizada, ou seja, igual à produtiva) para garantir que o cenário seja replicado.
Depois disso, em sua base de testes, execute o seguinte:
Do Menu Ajuda->SupportDesk->Restaurar->Restaurar Saldos de Artigos.
Uma janela se abrirá onde você colocará o número do artigo e clicará em OK.
Quando terminar, verifique os dados mestres do artigo e veja quanto está em estoque, isso lhe dará o valor real.
Nos conte como foi.
Saudações