Acredito que você não está fornecendo informações suficientes, pois se substituir o PDF, então é impossível imprimir outra coisa. Portanto, você deve elaborar mais.
Minha opinião: considerando que está falando sobre FPCOMP, suponho que seja um formulário da Adobe gerado através dos Serviços de Documentos da Adobe, então talvez o problema esteja relacionado ao cache nos ADS, que ainda aponta para o "design original". Isso já foi discutido no fórum como limpar o cache. Isso não explica por que é diferente entre a visualização e a impressão real, talvez seja um problema de servidor de aplicativos diferente, ou o que for. De qualquer forma, limpar o cache deve resolver o problema.