Boa tarde,
Parece que isso acontece porque está configurado para ser auditado com o RPUAUD00 (conforme as visualizações V_T585A, V_T585B, V_T585C...) uma série de infotipos/campos que não são exatamente iguais aos casos que atualizam a data da última modificação no infotipo 0003 (campo RRDAT).
Têm em mente que esta data do infotipo 0003 é atualizada se o infotipo modificado for relevante para a folha de pagamento de acordo com a configuração de retroatividade da visualização V_T582A, mas se, por exemplo, for modificado um infotipo não relevante para retroatividade que está sendo auditado pelo RPUAUD00, entendo que poderia existir essa diferença que mencionam.
Espero que isso seja útil.
Saudações,
Guillermo