Buenas tardes,
Me parece que esto sucede porque tienen configurado para ser auditado con el RPUAUD00 (según las vistas V_T585A, V_T585B, V_T585C...) una serie de infotipos/campos que no son exactamente iguales a los casos que actualizan la fecha de última modificación en el infotipo 0003 (campo RRDAT).
Tengan en cuenta que esta fecha del infotipo 0003 se actualiza si el infotipo modificado es relevante para nómina según la configuración de retroactividad de la vista V_T582A, pero si por ejemplo se modifica un infotipo no relevante para retroactividad que sí está auditado por el RPUAUD00, entiendo que podría existir esta diferencia que mencionan.
Espero que esto sea de ayuda.
Saludos,
Guillermo