Hola.
SAP Business One (B1) está diseñado como un producto estándar que puede adaptarse hasta cierto punto para casi todas las industrias y negocios de tipo PYME. Por otro lado, R/3 puede personalizarse completamente hasta el más mínimo detalle funcional de la operación del negocio. Además, R/3 ofrece soporte para el volumen transaccional y la complejidad operativa típica de las empresas grandes y multinacionales, algo que no sería posible con B1.
En cuanto al software de terceros, ¿cuál es? Por lo general, cuando un software es integrable con la plataforma SAP, puede integrarse con cualquiera de las tres familias (B1, A1 o R3). Sin embargo, si se especifica que es solo para B1, es posible que se integre a través de un complemento específico para B1 que no funcionaría para las otras dos (A1 y R3). En ese caso, lo mejor es buscar y evaluar otro software que cumpla con las especificaciones para R3, ya que si está diseñado específicamente para B1, puede que no sea suficiente para una empresa grande como la suya.
Si es compatible con la plataforma SAP en general, el proceso de integración no debería ser complicado, ya que se realizaría a través de la interfaz de datos común para las tres familias o mediante Netweaver o Business Objects, simplificando la implementación e integración (dependiendo de los requisitos del software y el grado de integración con SAP y la automatización de procesos).
Saludos.