Prezada Ester,
Definitivamente está relacionado com SSO. O Moodle suporta vários métodos de autenticação, incluindo LDAP. Se o seu sistema SAP também utiliza LDAP como fonte de dados de usuário, pode ser mais fácil estabelecer o SSO. Do lado do Moodle, você precisará instalar plugins de autenticação. Por outro lado, o Moodle possui um plugin SSO. Alguns detalhes sobre isso em http://help.wikispaces.com/Moodle plugin SSO
Você também pode considerar as capacidades de SAML e SPNego.
Poderia dar uma dica de como fez a integração? Está utilizando serviços web? Seria muito apreciado.
Saudações,
Haik