Olá.
O SAP Business One (B1) é projetado como um produto padrão que pode ser adaptado até certo ponto para quase todas as indústrias e empresas de pequeno e médio porte. Por outro lado, o R/3 pode ser totalmente personalizado até o menor detalhe funcional das operações do negócio. Além disso, o R/3 oferece suporte para o volume transacional e a complexidade operacional típica de grandes empresas e multinacionais, algo que não seria possível com o B1.
Quanto ao software de terceiros, qual é? Geralmente, quando um software é integrável com a plataforma SAP, ele pode ser integrado com qualquer uma das três famílias (B1, A1 ou R3). No entanto, se for especificado que é apenas para B1, é possível que seja integrado através de um complemento específico para B1 que não funcionaria para as outras duas (A1 e R3). Nesse caso, é melhor procurar e avaliar outro software que atenda às especificações para R3, pois se for projetado especificamente para B1, pode não ser suficiente para uma empresa grande como a sua.
Se for compatível com a plataforma SAP em geral, o processo de integração não deve ser complicado, pois seria feito através da interface de dados comum para as três famílias ou através do Netweaver ou Business Objects, simplificando a implementação e integração (dependendo dos requisitos do software e do nível de integração com o SAP e a automação de processos).
Saudações.