O que é um SKU na sua organização? No SAP, geralmente é uma unidade de manutenção de estoque, que é a unidade base. No entanto, a tabela MVKE não possui um SKU.
A mensagem que você recebe é baseada em uma personalização inconsistente. Nunca deve excluir a personalização se tiver dados mestres e/ou transacionais para ela. É melhor restringir o uso por autorização em vez de excluir a personalização.
Se o uso estiver restrito por autorização, geralmente você não verá os dados em uma consulta, a menos que tenha a autorização. Nesse caso, você precisa adicionar mais critérios de seleção, como o indicador de exclusão.
Você só pode arquivar dados mestres se não estiverem sendo utilizados, caso contrário, deve arquivar os dados transacionais, como pedidos de venda, entregas, faturamento antes de arquivar o mestre de materiais.
O SAP realiza centenas de verificações de consistência antes que você possa arquivar um material (ou parte de um material). Espero que você não tenha problemas ao arquivar devido à área de vendas excluída.