Resolví el problema copiando los archivos del kernel al directorio /sapmnt/<SID>/exe/uc/linuxx86_64
Según la nota 2473836 - Error en PHASE PREP_INPUT_CHECK/KX_CPYORG al realizar una actualización con el Software Update Manager, verifiqué que DIR_CT_RUN esté configurado correctamente, así que copié los archivos del kernel de /sapmnt/<SID>/exe a /sapmnt/<SID>/exe/uc/linuxx86_64
cdpro
grep DIR_CT_RUN <SID>_ASCS11_ebcl08v002
DIR_CT_RUN = $(DIR_EXE_ROOT)$(DIR_SEP)$(OS_UNICODE)$(DIR_SEP)linuxx86_64
grep DIR_CT_RUN <SID>_DVEBMGS10_ebcl08v002
DIR_CT_RUN = $(DIR_EXE_ROOT)$(DIR_SEP)$(OS_UNICODE)$(DIR_SEP)linuxx86_64
Leyendo parámetros de perfil desde '/usr/sap/install_EOW/SUM/abap/log/EOW_DVEBMGS10_EBCL08V002.PPR'.
3WETQ399 Parámetro de perfil 'Start_Program_*' no encontrado.
3 ETQ399 Leyendo parámetros de perfil desde '/usr/sap/install_EOW/SUM/abap/log/EOW_DVEBMGS10_EBCL08V002.PPR'.
3 ETQ399 Valor de perfil recuperado 'Execute_*' como 'inmediato /usr/sap/EOW/SYS/exe/uc/linuxx86_64/sapcpe pf=/usr/sap/EOW/SYS/profile/EOW_DVEBMGS10_ebcl08v002'.
3 ETQ399 Leyendo parámetros de perfil desde '/usr/sap/install_EOW/SUM/abap/log/EOW_DVEBMGS10_EBCL08V002.PPR'.
3 ETQ399 Valor de perfil recuperado 'DIR_CT_RUN' como '/usr/sap/EOW/SYS/exe/uc/linuxx86_64'.