Caro Vineet,
FAGLB03/FAGLL03 lê dados da tabela FAGLFLEXA. Portanto, se o centro de custo não for atualizado nesta tabela para alguns documentos, não aparecerá em FAGLB03/FAGLL03.
Por que o centro de custo está vazio em FAGLFLEXA?
A razão pode ser que a contabilização é uma contabilização estatística (campo WRTTP da tabela COEP).
Nas contabilizações estatísticas padrão em um objeto CO (neste caso, um centro de custo), nunca será atualizado na Visualização do Livro Razão.
Além disso, consulte a nota 964686, que contém informações relevantes.
Cumprimentos,
Gaurav