Hola,
No se trata de precio BRUTO o NETO como estás preguntando. Verifica qué código de transacción (como MIRO o FB60) está asignado a qué tipo de documento (RE, RN, RX, etc.) en el código de transacción OMW9. Puedes usar RE para todas las entradas de factura O para MIRO - RE y para FB60 - RN.
A veces (quizás para un negocio específico) para una nota de crédito se puede asignar un tipo de documento separado. Sin acceder a tu sistema, nadie puede decir por qué se realizan esas entradas con los respectivos tipos de documento. No se aconseja utilizar más tipos de documento para la entrada de facturas.
Saludos,
Biju K