CR e VS precisam ser executados no modo Administrador para ter permissões em vários registros e outros recursos, por isso faz diferença.
Ao instalar, você clicou no botão Aceitar no final para instalar o tempo de execução de 32 bits? É necessário tanto o tempo de execução de 32 bits quanto de 64 bits no VS.
Existe o arquivo CRDesigner?
Execute regedit32.exe e arraste o arquivo para a linha de comando, ele é registrado ou exibe algum erro?
A chave que está procurando é:
HKEY_CLASSES_ROOT\CrystalReportsEmbeddedDesigner\DefaultIcon
Procure no registro de instalação e verifique erros em:
C:\Program Files (x86)\SAP BusinessObjects\InstallData\logs\{data}\setupengine.log
Renomeie o arquivo para *.txt e anexe para que eu possa revisar. Não tenho certeza se é muito grande para anexar, tente compactá-lo e renomeá-lo para txt ou coloque em uma pasta compartilhada para eu poder acessá-lo.