Olá Fabián,
O que você deve fazer é uma Nota de Crédito de clientes em nome do cliente pelo pagamento recebido adiantado, esta deve ser do tipo serviço pelo valor correspondente à retenção de $8.000 para o seu exemplo, afetando a conta ou contas que correspondam à retenção efetuada.
Em seguida, durante o processo de reconciliação, entre em contato com o cliente e lá você pode conciliar ou vincular os valores de débito e crédito (o pagamento recebido, a fatura e a Nota de Crédito).
Saudações,
JAMS