Realmente tenemos las manos atadas en este caso. El krb5.ini es una función del Sun JDK que simplemente preinstalamos. No tenemos control sobre este código y no podemos corregir errores cuando ocurren. Posiblemente el mismo error en la versión .12 esté afectando a la .21 pero no a la .16. Realmente no estoy seguro de por qué solo la .16 parecía no tener este problema.
La mejor solución sería pasar a SSO, que no depende del JDK sino que se basa en AD DNS (sitios). Si esto no es una opción, posiblemente crear un DNS round robin e intentar agregar eso al krb5.ini (asegúrate en DNS de forzar el puerto 88) ya que he visto que el DNS de Microsoft comienza a usar números de puerto aleatorios sin motivo aparente.
Otras opciones, si eres un cliente platino de Sun, ¿quizás puedas conseguir que parcheen el JDK?
Saludos,
Tim