Hola Erick:
Dado que mencionas el timbrado, supongo que se trata de documentos de México o Guatemala. Creo que la solución consiste en modificar el registro que se creó manualmente con respecto a la factura, el cual tiene el cliente incorrecto. Probablemente fue solo un error en la carga de datos históricos.
Si no es posible una solución, se podría crear un documento histórico con el cliente incorrecto, pero como una nota de crédito para su cancelación (sin timbrado), y otro documento histórico con el cliente correcto para ajustar los registros históricos.
Quedo a la espera de tus comentarios.
José Antonio