Olá, Roberto:
Sou usuário do SBO, portanto, minha resposta pode não ser satisfatória para você, mas pelo que vejo, o SBO não permite documentos com valor 0, eles sempre devem ter pelo menos um valor mínimo de .01 (foi programado assim).
Em relação às notas de crédito vinculadas a uma fatura nos pagamentos recebidos (que são selecionadas no mesmo documento de pagamento, pois isso não gera uma conciliação automática), acredito que faça sentido, pois deve haver algum valor de pagamento associado a essa fatura. Se a nota de crédito for pelo total da fatura, seria melhor criar a nota de crédito copiando a fatura, assim ela desapareceria dos documentos pendentes a receber e não seria necessário realizar essa tediosa conciliação posteriormente.
Espero que essa explicação seja útil para você e até que o SAP mude sua programação para como estamos acostumados a pensar, teremos que trabalhar dessa maneira.
