Olá Erick:
Ao mencionar o timbrado, suponho que esteja se referindo a documentos do México ou Guatemala. Acredito que a solução envolve a modificação do registro manual da fatura, que possui o cliente incorreto. Provavelmente foi apenas um erro na inserção de dados históricos.
Caso não seja possível uma solução, poderia ser criado um documento histórico com o cliente incorreto, porém como uma nota de crédito para cancelamento (sem timbrado), e outro documento histórico com o cliente correto para ajustar os registros históricos.
Fico no aguardo de seus comentários.
José Antonio