Se você verificou o arquivo em AL11, o caractere # pode ser uma quebra de linha (LF) ou um retorno de carro + quebra de linha (LF). O relatório de saída não pode exibir esses caracteres e em vez disso mostra o # (que é um caractere de substituição). Se este for o caso, não é necessário remover o #.
Caso contrário, como sugeriu Vinod, o remetente está enviando explicitamente # no final de cada linha no arquivo.
Atenciosamente,
Suhas