Hola,
Se me ocurre que hagas lo siguiente:
1. Cuando creas el Pago recibido NO seleccionas las facturas, sino que lo registras como un pago a cuenta. Selecciona el medio de pago, ingresa los datos del cheque con fecha posterior a la consignación, la cuenta para cheques recibidos o posfechados, y en el comentario del documento incluye "CHEQUE POSTF. y NÚMERO XXXXX". Con esto se registra el RC, se afecta la cuenta de Cartera asociada al SN y la cuenta puente de cheques recibidos, pero NO se cancelan las facturas.
2. Cuando llegue la fecha de consignar el posfechado, realiza el DEPÓSITO, trasladando el cheque de la cuenta de cheques recibidos a la cuenta del banco donde se consigna.
3. Si el cheque se convierte en EFECTIVO, debes ir al saldo de la cuenta del SN donde podrás visualizar (parametrizando la visibilidad de los comentarios o información detallada) las partidas pendientes de reconciliar: facturas y el pago recibido (débitos y créditos). Realiza la reconciliación para cancelar el saldo de las facturas pagadas con el cheque.
Te recomiendo que realices un ejercicio en una base de datos de pruebas para validar el proceso y la contabilización.
Saludos,
JAMS