Olá,
Sugiro que faça o seguinte:
1. Ao criar o Pagamento recebido, NÃO selecione as faturas, mas registre como um pagamento antecipado. Selecione o meio de pagamento, insira os dados do cheque com data posterior à consignação, a conta para cheques recebidos ou pós-datados e, no comentário do documento, inclua "CHEQUE PÓS-DATADO e NÚMERO XXXXX". Com isso, o RC é registrado, afeta a conta de Carteira associada ao SN e a conta ponte de cheques recebidos, mas as faturas não são canceladas.
2. Quando chegar a data de depositar o pós-datado, faça o DEPÓSITO, transferindo o cheque da conta de cheques recebidos para a conta do banco onde é depositado.
3. Se o cheque se tornar EFETIVO, vá para o saldo da conta do SN onde poderá visualizar (parametrizando a visibilidade dos comentários ou informações detalhadas) as partidas pendentes de reconciliação: faturas e o pagamento recebido (débitos e créditos). Realize a reconciliação para cancelar o saldo das faturas pagas com o cheque.
Recomendo que faça um exercício em um banco de dados de testes para validar o processo e a contabilização.
Saudações,
JAMS