Você obtém as seguintes tabelas no FM, certo?
DBINDEXES
DBINDFLDS
Em DBINDEXES, você tem 1 campo para o Índice e outro para único... para a chave primária seria 'X'.
ou de qualquer maneira o Índice <tab_name>~0 significa chave primária ( ~0 ).
Depois de obter isso...
você remove as linhas para <tab_name>~0 de DBINDFLDS e o resto são suas chaves secundárias