Olá,
Se você definir um parâmetro no perfil padrão e esse parâmetro não estiver definido em nenhum dos perfis de instância, então toda vez que o SAP for iniciado, ele o fará com o valor definido no perfil padrão.
Se o parâmetro estiver definido no perfil de instância, então essa instância usará o valor definido em seu próprio perfil de instância, "ignorando" o valor no perfil padrão (se também estiver configurado lá).
Agora, existe um conceito de parâmetros dinâmicos, o que significa que você pode acessar a transação RZ11 e alterar o valor do parâmetro sem precisar reiniciar o SAP.
Definir um parâmetro nos perfis não o torna estático (não alterável dinamicamente). Ainda é possível ir para o RZ11 e alterar seu valor durante a execução. Apenas tenha em mente que as alterações dinâmicas são perdidas ao reiniciar o SAP (daí o uso dos perfis, para que você possa definir quais valores de parâmetros o SAP deve usar desde o início do sistema).
Saudações,
Isaías