Hola,
El archivo msi no está destinado a ser incluido en el proyecto de instalación, sino a instalarse manualmente en la máquina de destino.
Utiliza módulos de combinación (msm), los cuales deben incluirse en el proyecto de instalación y implementación y no necesitan ser instalados manualmente.
Echa un vistazo a la sección 'Implementación' de la [Guía del desarrollador del SDK de .Net de CR 2008|http://help.sap.com/businessobject/product_guides/boexir31/en/crsdk_net_dg_12_en.chm], lo cual aclarará las cosas.
Para descargar adecuadamente consulta este [enlace|http://wiki.sdn.sap.com/wiki/pages/viewpage.action?pageId=56787567].
Espero que esto sea de ayuda,
Bhushan.